Eine gelungene Neuerung des virtuellen Prophet gegenüber seinem analogen Original ist der Analog Regler: dieser lässt eine stufenlose Verstimmung der einzelnen Stimmen (nicht der Oszillatoren!) untereinander zu. Dadurch lassen sich die Schwebungen der verschiedenen Oszillatorenbausteine nachempfinden und überzeugendere Replikaktionen der Originalsounds erstellen, als dies bei den Vorgängerversionen (PRO-5) der Fall war. Daneben können die Stimmen auf Unisono gestellte werden, leider ist der PRO-53 dann nur noch einstimmig spielbar. Glide regelt die Zeitdauer des Pro-53, um von einer Note zur nächsten zu gelangen. Im Gegensatz zum Original besitzt der Pro-53 über einen Velocity Sensitivity Schalter, der Anschlagsdynamik auf die Amplituden- und Filterhüllkurve zulässt.
Das Filter des Pro-53 ist ein normales 24dB Tiefpassfilter mit Resonanz bis zur Selbstoszillation und einer gängigen ADSR-Hüllkurve. Anders als beim Original lässt sich beim PRO-53 die Charakteristik des Filters auf Hochpass umschalten und die Hüllkurvenintensität invertieren. Der Amplifier besitzt eine vergleichbare Hüllkurve, die mit einer Hold-Funktion ausgestattet ist. Durch Drücken des HOLD-Schalters ertönt zunächst das mittlere C (C3), aber es können auch Midi-Noten gehalten werden. Das macht nicht nur zum Programmieren von Sounds sehr viel Sinn.
Durch den Schalter EXT IN kann das Filter und der Amplifier sowie deren Modulationen als VST Effekt genutzt werden. Mittels des HOLD-Schalters erspart man sich das ständig erneute Triggern der Hüllkurven und kann sich auf Filter, Resonanz und Modulationen konzentrieren. In aller Deutlichkeit: der Pro-53 steht nicht nur als VST Instrument, sondern auch als VST Effekt, ähnlich dem Waldorf D-Pole, zur Verfügung, wenn man ihn z.B. in einen Insert einschleift!
Der LFO ist recht einfach gebaut, weist aber Funktionen wie Midi-Sync und Envelope Trigger auf. Über das Modulationsrad kann jeweils oder gemeinsam die Frequenz und die Plusweite der Oszillatoren A und B gesteuert werden. Interessant am Original wie auch am Pro-53 sind die Möglichkeiten der Polymodulation. Als Modulationsquellen dienen: Oszillator B und die Filterhüllkurve. Die Modulationsziele sind: Frequenz des Oszillator A, das Filter und die Pulsweite von Oszillator A. Neben Filtersweeps, wandernden Pulsweiten und Vibratos des Oszillators A lassen sich so auch extreme Modulationen erzeugen. Routet man die Frequenz des Oszillators B auf die des Oszillators A, ergeben sich schönen Crossmodulationswellen.