Der größte Unterschied der beiden Geräte was die Benutzeroberfläche angeht ist aber das Needle-Search Feature des CDJ-2000. Dieser berührungsempfindliche Streifen unter der Wellenformdarstellung im Display macht es möglich, direkt im Song zu einer bestimmten Position zu springen. Dies funktioniert nur, wenn der Track pausiert ist, sobald man jedoch den Streifen berührt, hört man die Musik von diesem Punkt aus spielen. Needle-Search macht es in Verbindung mit der sehr guten Wellenform möglich, sehr schnell zu der Stelle im Track zu springen, die man sucht. Der Streifen kommt ebenfalls zum Eingeben von Buchstaben zum Einsatz, wenn man seine Musiksammlung durchsuchen möchte, und funktioniert recht gut für diesen Zweck.
Eine nützliche neue Möglichkeit, seine Songbibliothek zu organisieren, ist die sogenannte TAG-List. Beim Durchscrollen der Sammlung kann der momentan ausgewählt Song mittels Knopfdruck in die TAG-Liste aufgenommen werden. So kann man ad hoc eine Playlist mit den Songs erstellen, die man als nächstes spielen möchte.
Formate
Der CDJ-900 kann die bekannten optischen Speichermedien wie Audio- und MP3-CD sowie CD-RW lesen. Der CDJ-2000 bietet darüber hinaus die Möglichkeit, DVDs mit Musikdateien zu verwenden. Es wird selbstverständlich kein DVD-Video unterstützt. Vom Einlegen einer CD/DVD bis zum Abspielen des ersten Tracks vergehen ungefähr 6 Sekunden.
An Musikformaten werden sowohl MP3, AAC, WAV und AIFF abgedeckt. Das FLAC-Format wird leider nicht unterstützt.
Erfreulich ist, dass sogar ein Apple iPod beim Anschluss über den USB-Port von beiden Geräten erkannt wird und direkt auf dessen Songs zugegriffen werden kann. Mit dem iPhone hat dies jedoch leider nicht funktioniert. Ob sich SD-Karten als Datenträger für Musikdateien besonders gut eignen, ist fraglich. Jedoch haben sie den Vorteil, dass sie nicht wie die USB-Geräte aus der Oberseite des Players heraus stehen. Dies birgt das Risiko, dass man aus versehen mit der Hand dagegen stößt.
USB und rekordbox
Wie bereits erwähnt gibt es mehrere Möglichkeiten, Musik auf einem USB-Gerät zu benutzen. Zum einen kann das USB-Gerät direkt auf der Oberseite des Players eingesteckt werden, zum anderen kann ein USB-Gerät über den LINK Modus von mehreren Playern gemeinsam genutzt werden. Hierbei ist es natürlich auch möglich, auf mehreren Playern den gleichen Song abzuspielen.